此二者的关系是具有协同作用。肺炎支原体是最严重的呼吸道疾病的病原之一，感染后可以导致猪的体液免疫和细胞免疫功能降低，也可导致呼吸道的天然抵抗力降低。因而，支原体感染(无论在PRRSV感染前、同时感染、还是后感染)，均可使PRRSV肺炎加重，病程延长。单独PRRSV感染，3周后症状基本消失，但二者混合感染，38天后仍有PRRS的症状。原因是支原体感染后可以刺激机体产生大量的肺泡巨噬细胞，这些巨噬细胞最适合PRRSV的增殖。相反，PRRSV也可加重支原体肺炎的症状，延长病程。因而控制了肺炎支原体的感染，有利于降低PRRS的损失。